Desde la creación de la diócesis en el año 1952 en el corazón de nuestros pastores ha vibrado un constante amor y cuidado en la promoción de las vocaciones al ministerio ordenado.La construcción de esta casa iniciada el 8 de diciembre de 1952 destinada al seminario menor es la primera prueba de ello. Las instalaciones del seminario fueron terminadas e inaugurada en agosto 15 de 1957 y los padres Vicentinos (padres de la misión o Lazaristas) aseguraron durante este primer periodo el cuidado y el cultivo de las vocaciones en el seminario menor.

Desde sus inicios la diócesis se ha visto bendecida por el surgimiento de vocaciones al sacerdocio y a la vida consagrada que son el resultado de nuestros hogares cristianos, de nuestras comunidades campesinas y urbanas, del apostolado especial de nuestros docentes cristianos en las escuelas y colegios de la diócesis y en estos últimos años del trabajo cada vez más planificado de las diferentes pastorales de catequesis, niños, juvenil, vocacional y de la familia que continúan dando respuesta a “esa luz misteriosa” que es la vocación. Por decreto del 25 de diciembre de 1980, Mons. Rubén Buitrago Trujillo crea el seminario mayor bajo el patrocinio de san José, iniciando labores el 8 de febrero de 1981 con la llegada de los primeros alumnos: 19 de Zipaquirá, 7 de Facatativá y 3 de Girardot, todos como alumnos internos y de primero de filosofía. Como externos se matricularon también para primero de filosofía 4 religiosos Terciarios Capuchinos, cuya residencia estaba en Cajicá.  Solemnemente se inauguraría el 19 de febrero con la presencia del Señor Nuncio, Mons. Angelo Acerbi y los Señores Obispos de Facatativá, Girardot, el Auxiliar de Bogotá Monseñor Gabriel Romero y naturalmente el Obispo de la Diócesis.

Hace cuarenta años, Mons. Rubén Buitrago Trujillo, el clero de nuestra diócesis, los fieles católicos de nuestra diócesis, los padres de San Sulpicio y los jóvenes seminaristas se lanzaban en la aventura de colocar las bases para lo que hoy es el seminario mayor san José de Zipaquirá, corazón de la diócesis.