En el año 2008 se inicia una nueva experiencia en el Seminario Mayor de Zipaquirá, que sufre una reestructuración con el fin de favorecer la vida en comunidad; y por eso surgen las comunidades eclesiales. Esto sucedió siendo rector el presbítero Hernando Chitiva p.s.s. Debido a que surgieron en el contexto del año paulino, las comunidades adoptaron nombres de las comunidades que visitó san Pablo. Esta comunidad tomo el nombre de Filipos.
Lo que ha significado esta comunidad para la vida y la vocación de quienes han pasado por ella, se puede reflejar en el amor y la alegría que surgen gracias al encuentro con Cristo a través de esta experiencia; y año tras año se sigue alegrando porque de ella salen frutos para la Diócesis, presbíteros que salen a comunicar la experiencia que han vivido en esta comunidad de Filipos.
El lema que identifica a esta comunidad es: Filipenses 4,4 “Gaudete in Domino semper”. Alégrense siempre en el Señor, se lo repito, estén siempre alegres en el Señor.
Este caminar en comunidad ha estado marcado por los diferentes padres directores que han asumido la coordinación de ésta; así pues, el primer coordinador fue el padre John Alexander Nova, quien en 2009, II semestre es enviado a estudiar a Roma. En su reemplazo llegó el padre William Antonio Cárdenas, quien acompañó la comunidad hasta el año 2013, pues al año siguiente el padre Norberto Flórez Rincón p.s.s asume la coordinación hasta el primer semestre del 2017, debido a que es nombrado rector del Seminario Mayor.
En el primer semestre del 2017 asume la coordinación el padre, Iván Urrego Méndez. En el segundo semestre es elegido el padre Jean François Roy hasta el primer semestre del 2018. Posteriormente el Padre Nixon Huérfano Tumay junto con el padre estuvo a cargo de nuestra comunidad. Actualmente el Padre Juan Miguel Sarmiento dirige esta comunidad, al cual se le dirige un cálido saludo de bienvenida por su retorno a nuestro Seminario Mayor
La comunidad de Filipos ha aportado en la formación de los futuros sacerdotes de la Diócesis de Zipaquirá, de quien han salido ordenados los siguientes sacerdotes: Carlos Villamil, Fernando Roldán, Jonny Torres, Venancio Gómez, Duván Olaya, Iván Urrego, Alejandro Cuervo, Rodrigo Gil, Harrison Arévalo, Mauricio Mendoza, Luis Boyacá, Edwin Muñoz y Yonathan Bejarano.
Actualmente lo componen los siguientes seminaristas:
Helmer Fabián De la Rue León (III Etapa Configuradora)
Néstor Orlando Rodríguez López (I Etapa Configuradora)
Iván Gabriel Castillo Quecán (I Etapa Configuradora)
Cristian David Saénz Murcia (I Etapa Configuradora)
Francisco Galvis Martínez (II Etapa Discipular)
Daniel Alejandro Tenjo Barragán (I Etapa Discipular)
Oscar Fabian López Bernal (I Etapa Discipular)