La comunidad de Antioquía es una de las tres comunidades eclesiales dentro del seminario mayor San José de Zipaquirá. Esta comunidad está conformada por seminaristas de los diferentes cursos académicos, y tiene el propósito de acrecentar la fraternidad y la amistad de cada uno de sus integrantes, de modo que en un futuro ministerio sacerdotal la fraternidad sea lo central en cada uno de los ministros que se configuran con Cristo Pastor y Cabeza por el sacramento del Orden.

La comunidad de Antioquia fue fundada en el año 2008 en donde el Padre Juan Elías Muñoz. Fue el primer director de la comunidad. Posteriormente el Padre Pablo Jaime Martín fue el segundo formador al frente de la comunidad. Luego el Padre John Alexander Nova Pamplona asumió la coordinación desde el 2009 hasta el 2015; del año 2016 al 2018 el Padre Pablo Hernando Beltrán, acompañó esta comunidad. Posteriormente el Padre el Padre Norberto Florez, Pss, estuvo al frente de esta comunidad, desde el 2019 al 2020. Actualmente el Padre Iván Urrego Méndez ha asumido la tarea de acompañar a los seminaristas pertenecientes a esta comunidad en su proceso de formación inicial con miras al ministerio sacerdotal.

De la comunidad de Antioquia se han formado varios ministros para la Iglesia, de entre los cuales están: Padre Carlos Páez, Padre Alejandro Torres, Padre Wilman Carillo, Padre Fredy Pinzón, Padre Jorge Torres, Padre Miguel Fraile, Padre Mauricio Garzón, Padre Jorge Contreras,  Padre Jhonatan Murcia.   

 Actualmente en la comunidad de Antioquia está a cargo el Padre Yesid Mauricio Mendoza Santana y está conformada por los siguientes seminaristas:

Wilver Duván Castiblanco Benavides (Diácono)

Andrés Alberto Beltrán Moreno (IV Etapa Configuradora)

Juan David Moreno Riaño (II Etapa Configuradora)

Iván Gabriel Castillo   (II Etapa Configuradora)

Willington Jair Vargas Piñeros (II Etapa Configuradora)

Yeferson Eneiro Morera (II Etapa Configuradora)

Juan Pablo Pinzón Moreno (II Etapa Discipular)

César Fabián Gil Gualteros (II Etapa Discipular)